Con el siguiente comando podremos comparar dos directorios sin evaluar el contenido de los archivos en ellos, lo cual nos permitirá comparar sólo los nombres.
diff <(ls DIR1) <(ls DIR2)
Si la salida del comando no genera nada, no existe diferencia entre ambos directorios, caso contrario generará salida especificando el nombre del archivo o directorio que difiere.
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